Die Berliner Journalistin Lydia lebt in einer Beziehung mit dem Autor Karl-Heinz. Eines Tages trennt sich Lydia von Karl-Heinz. Kurz darauf nimmt sie die hübsche Sarah als Mitbewohnerin in ihre Wohnung auf, in die Karl-Heinz sich prompt verliebt. Auf einer Party lernt Lydia Walter kennen. Gemeinsam unternehmen die vier einen Ausflug aufs Land. Lydia gefällt die Idylle so sehr, dass sie den Bauernhof spontan für eine Weile gegen ihre Stadtwohnung eintauschen will. Nachdem die anderen drei wieder abgereist sind, erhält Lydia eines Nachts unerwarteten Besuch. Marquard Bohm steht mit einem Kreuz vor ihrer Tür - er glänzt in dem Film mit einem der wunderlichsten Gastauftritte der deutschen Filmgeschichte. Rudolf Thomes spielerische Komödie Das Geheimnis erzählt von Beziehungen und erklärt ganz nebenbei das Geheimnis des Universums.