Als es Herbst wird, kämpft das Team um Makoto gegen den letzten der zwölf mächtigen Shadow Arcana, um die Schattenstunde ein für alle Mal auszulöschen. Doch was ein Sieg hätte sein sollen, wandelt sich zur Katastrophe, die alle Kämpfer in eine tiefe Krise stürzt. Der Tod von Freunden und Familienmitgliedern und die scheinbare Sinnlosigkeit ihres Kampfes nagt an allen Mitstreitern, die sich nun entscheiden müssen, welchen Weg sie einschlagen. Noch dazu weckt der seltsame neue Mitschüler Ryouji Mochizuki, der sich unbedingt mit Makoto anfreunden will, Aigis Misstrauen und auch von Seiten der Organisation Strega droht erneut Unheil. Es scheint, als ob die Freunde im Strudel der Ereignisse hilflos untergehen werden…