Im Jahr 2022 haben es große Fortschritte im Bereich der Quantencomputer der Menschheit ermöglicht ihren Geist in den Cyberspace zu transferieren. Shiki, die jüngere Stiefschwester von Remu, übersprang ein paar Schulstufen und wechselte schon mit 14 auf eine High School in der Akademikerstadt "Okinotori-island Mega Float City (OMFC)". Eines Tages gesteht Shiki ihrem Bruder in einer Online-Unterhaltung, dass sie sich mittels Nanomaschinen im Gehirn an das Netz anschließen hat lassen, während ihr nunmehr lebloser Körper in einer Nährlösung aufbewahrt wird. Remu akzeptiert ihre Entscheidung, doch kommt es zu einem Server-Unfall, infolgedessen die Geister der User im Cyberspace verloren gehen. Einige Zeit später taucht seine Schwester Shiki vor seiner Tür auf, doch erinnert sie sich an nichts, nicht einmal, ob sie wirklich Shiki ist …