Der bösartige Schwertkämpfer Makoto Shishio (Tatsuya Fujiwara) will Japan in die Katastrophe stürzen. Er verfolgt den radikalen Plan, die Meiji-Regierung in Kyoto zu stürzen und kann sich auf seinem blutigen Streifzug durch die politische Vertikale auf seine außerordentlichen Fähigkeiten als Meister der Schwertkunst verlassen. Das Land hat nur eine Hoffnung: Kenshin Himura (Takeru Satô). Der hat aber geschworen, nie wieder zum Schwert zu greifen. Als jedoch auch er merkt, dass die Situation in Japan zunehmend außer Kontrolle gerät, zwingen ihn die Aktionen Makoto Shishios dazu, sich gegen seinen Schwur und die Einwände seiner Freundin (Hiroko Yashiki) zu entscheiden und wieder zum Schwert zu greifen. Das Schicksal Japans wird im Kampf zwischen Makoto Shishio und Kenshin Himura entschieden.