In dieser Stadt stimmt etwas ganz und gar nicht! Jede Nacht verwandeln sich die Straßen in eine lebensfeindliche Gegend, in der gefährliche Kreaturen namens „Shadows“ lauern. Schulwechsler Yuuki Makoto dagegen, der mit einem verspäteten Zug in eben dieser Stadt um Mitternacht ankommt, nimmt das alles ganz gelassen. Erst als sein neues Wohnheim eines Nachts von einer Horde starker Shadows angegriffen wird, begreift er die Bedrohung. Doch dem Tod gegenüberstehend entfesselt Yuuki ungeahnte Kräfte und beschwört ein sogenanntes „Persona“, das es mit den angsteinflößenden Gegnern aufnehmen kann. Aber es bleiben tausend Fragen offen: Warum ist Yuuki in der Lage das Persona zu beschwören? Woher kommen die Shadows? Und wie kann man diesen nächtlichen Kreislauf endgültig durchbrechen?