Ørnen fra Madagaskar foregår i det 16. århundrede og har Errol Flynn i hovedrollen som en britisk marineofficer, der uretmæssigt er blevet dømt for at desertere. Han undslipper og slår pjalterne sammen med Anthony Quinns piratslæng, hvor han og Quinn kappes om den glamourøse piratdronning Maureen O’Haras gunst. O’Hara bliver rasende på Flynn, da han redder en smuk araberprinsesse (Alice Kelley) ud af kløerne på en flok slavehandlere, men hun kommer alligevel Flynn til undsætning, da Quinn efterlader ham til sin egen skæbne. Flynn og O’Hara slår sig sammen om at forpurre Quinns onde planer, og de finder ud af, at Flynns “forbrydelse” var udtænkt af den britiske regering for at stoppe pirateriet på Madagaskar.