En 12-årig pige forsvinder under mystiske omstændigheder. De fortvivlede forældre udlover en dusør og sagen får stor opmærksomhed i pressen. Da ingen kidnappere lader høre fra sig forventer man det værste og sagen henlægges så småt. Hvad ingen ved er at en mentalt forstyrret mand holder pigen indespærret i kælderen under sit hus. Uden mulighed for at flygte er pigen i hans magt, men hvad er hans plan med hende? "Pigen i Kælderen" er baseret på den opsigtsvækkende sag om Natascha Kampusch, som blev holdt fanget af sin kidnapper Wolfgang Priklopil i årene fra 1998 til 2006.