Da The Punisher får ram på en forbryder, som sælger stjålne våben med S.H.I.E.L.D.-teknologi på det sorte marked, opdager han ved et tilfælde et meget større terrorkomplot, der efterforskes af S.H.I.E.L.D.-agenten Black Widow. The Punisher bliver tilbageholdt af den hemmelige ordensmagt, men Nick Fury tilbyder at løslade ham, hvis han indvilliger i at samarbejde med Black Widow om at sætte en stopper for terroristgruppen LEVIATHAN.