Da den unge soldat Jack Farmer udstationeres i Irak i det berygtede Abu Ghraib-fængsel udenfor Bagdad, får hans patrotisme ridser i lakken. For krigen er alt andet end glorværdig og Jack er tvunget til at forholde sig til den amerikanske hærs behandling af, hvad der betragtes som værende hårdhudede terrorister - en behandling der får Jack til at tvivle på dens berettigelse. Snart plages Jack så meget af sine oplevelser, at han bryder den altoverskyggende regel blandt fangevogterne og udvikler et venskab med den tilfangetagne Ghazi Hammoud, der er anklaget for at stå bag flere blodige bombeangreb, men som påstår at være uskyldig. Boys of Abu Ghraib er en intens og hårdhudet skildring, der stiller spørgsmål til og udfordrer vores opfattelse af, hvem der er krigens ofre og hvem der er dens helte.