Willys bedste ven Jesse arbejder nu sammen med sin læremester Randolph, og deres job går ud på at opspore hvaler i de mest afsidesliggende dele af det nordlige Stillehav. Der bliver Jesse genforenet med sin majestætiske makker på 3 tons og får en ny ven i den 10-årige Max, som deler Jesses store interesse for hvaler. Men Max' far, som er fisker, gemmer på en mystisk hemmelighed, der kan true Willy og hele hans familie. For at bringe dem i sikkerhed må Jesse og Max iværksætte en spændende redningsaktion, hvor venskab, mod og kærlighed er afgørende, hvis den skal lykkes.