Codys gamle CIA-agent-lærer er hoppet over på den anden side af loven og har stjålet en tophemmelig teknologi til at kunne styre folks hjerner med. Cody må på banen igen - og denne gang må han gå under jorden for at finde skurken. Han er tvunget til at spille studerende på en musikhøjskole for professionelle musikere og sørge for, at hans venner ikke opdager hans falske identitet. Imens Cody kæmper med klarinet og noder, indkredser han i al hemmelighed sin fjende - og sin indtil dato sværeste mission: At skulle kæmpe mod sin største fjende nogensinde: Den mand, som har lært ham alt, hvad han ved.