V roce 2024 byl ředitel Serano Genomics Ernest Serano unesen a propuštěn. Tuto událost zapříčinil hacker známý jako Vysmátý muž (The Laughing Man), jenž je nejnebezpečnějším hackerem v očích veřejnosti. O šest let později se Sekce 9 během vyšetřování tohoto hackera ocitá uprostřed spiknutí zkorumpovaných členů vlády. Vysmátý muž se se schopností nahackovat kybermozky a ovládat tak lidi vrátil a jeho motivy jsou převážně nejasné. Celá Sekce 9 tedy závodí s časem. Snaží se rozřešit původ Vysmátého muže a rozplést spiknutí velkých korporací, které hrají velkou roli v jeho plánech. Tento příběh je spojení všech důležitých událostí v případu okolo Vysmátého muže, které se odehrály v prvním seriálu GHOST IN THE SHELL: STAND ALONE COMPLEX